python moduleのdedalusは、pipを使ってインストールできないので、ソースからビルドするしかないようで、今回、fftw3.3.7のmpiバージョンを使ってdedalusのビルドを試みた。
まずは手始めに、fftw3.3.7 mpiをソースからビルドする。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 | mkdir $HOME/usr && mkdir $HOME/soft cd cd soft wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.7.tar.gz tar -zxvf fftw-3.3.7.tar.gz cd fftw-3.3.7 ./configure MPICC=mpicc --prefix=$HOME/usr --enable-shared=yes --enable-mpi make --jobs=2 make install |
次に、このmpiバージョンのfftwを使ってdedalusをビルドする。
1 2 3 4 | hg clone https://bitbucket.org/dedalus-project/dedalus echo 'export FFTW_PATH=$HOME/usr' >> ~/.bashrc cd dedalus CFLAGS=-I$HOME/usr/include LDFLAGS=-L$HOME/usr/lib ~/.pyenv/versions/3.6.4/envs/py36/bin/python3 setup.py build_ext --inplace |
最後に、env内のsite-packages directoryにsymbolic linkを貼って終了。
ln -s /home/aho/dedalus/dedalus /home/aho/.pyenv/versions/3.6.4/envs/py36/lib/python3.6/site-packages
pip installが使えないと、インストに手間がかかりすぎるのが難儀だ。
参考サイトhttps://stackoverflow.com/参考サイトhttp://micro.stanford.edu/wiki/Install_FFTW3
参考サイトhttp://dedalus-project.readthedocs.io/en/latest/installation.html
スポンサーリンク
スポンサーリンク