fftw3.3.7のmpi版を使ってdedalusをビルドする

python moduleのdedalusは、pipを使ってインストールできないので、ソースからビルドするしかないようで、今回、fftw3.3.7のmpiバージョンを使ってdedalusのビルドを試みた。

まずは手始めに、fftw3.3.7 mpiをソースからビルドする。

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mkdir $HOME/usr && mkdir $HOME/soft
cd
cd soft
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.7.tar.gz
tar -zxvf fftw-3.3.7.tar.gz
cd fftw-3.3.7
./configure MPICC=mpicc --prefix=$HOME/usr --enable-shared=yes --enable-mpi
make --jobs=2
make install

次に、このmpiバージョンのfftwを使ってdedalusをビルドする。

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hg clone https://bitbucket.org/dedalus-project/dedalus
echo 'export FFTW_PATH=$HOME/usr' >> ~/.bashrc
cd dedalus
CFLAGS=-I$HOME/usr/include LDFLAGS=-L$HOME/usr/lib ~/.pyenv/versions/3.6.4/envs/py36/bin/python3 setup.py build_ext --inplace

最後に、env内のsite-packages directoryにsymbolic linkを貼って終了。

ln -s /home/aho/dedalus/dedalus /home/aho/.pyenv/versions/3.6.4/envs/py36/lib/python3.6/site-packages

pip installが使えないと、インストに手間がかかりすぎるのが難儀だ。

参考サイトhttps://stackoverflow.com/
参考サイトhttp://micro.stanford.edu/wiki/Install_FFTW3
参考サイトhttp://dedalus-project.readthedocs.io/en/latest/installation.html